En 1948, el C.D. Málaga compró los derechos federativos al C.D. Santo Tomás para convertirlo en su filial, bajo el nombre de Club Atlético Malagueño.
Durante la temporada 1959-60 el C.A. Malagueño y C.D. Málaga se iban a encontrar juntos en la Tercera División de España. Como filial, el C.A. Malagueño debería haber sido descendido. Para evitar esto, separaron ambos sus respectivos números de registro federativo, pudiendo así evitar el descenso.
Cuando en 1992 el C.D. Málaga tuvo que desaparecer por problemas económicos, pudo seguir bajo la denominación de su filial, Atlético Malagueño, gracias a que en la Federación Española de Fútbol tenían número de registro independiente, por lo que éste pudo asumir el relevo del hasta ese momento equipo representativo de la ciudad.[7] La Sociedad Deportiva Malagueña, equipo fundado en 1990, se convirtió entonces en el filial en categoría regional.
En la Temporada 1992-93, el C.A. Malagueño jugaba en Tercera División (Grupo IX), y tras una exitosa campaña, ascendieron a Segunda División B, volviendo a descender en esa campaña y afrontando problemas de solvencia al igual que el antiguo equipo. El 19 de diciembre de 1993 se celebró un referéndum de socios, cambiándose la denominación oficial del equipo, haciéndose legal el 29 de junio de 1994,[7] siendo el actual Málaga Club de Fútbol S.A.D. (el filial, la S.D. Malagueña, sería a partir de entonces conocido como Málaga B).
